Het Alkmaardermeer is van oorsprong, net als het grootste deel van Holland, veengebied ontstaan uit moeras. In de middeleeuwen ontgon men het veen tot landbouwgebied. Hiervoor werden sloten gegraven om het overtollige water weg te laten lopen naar de veenrivier die door het gebied stroomde. Uitdroging was de oorzaak dat het veen op de lange duur steeds meer inklonk. Bij storm en hoogwater konden hele stukken land langs de rivier wegspoelen, daardoor ontstond er steeds meer open water. Dit bereikte een hoogtepunt bij de Allerheiligenvloed van 1170. Door de gevolgen van die vloed heeft het Alkmaardermeer net als veel andere meren in Noord-Holland grotendeels zijn uiteindelijke vorm gekregen.

In de lengterichting van het huidige Alkmaardermeer liep een rivier die onder andere het Oer-ij met de Schermer verbond. Een rivier die erop aansloot was de Stierop die naar het Starnmeer stroomde.

Het is zeer waarschijnlijk dat er mensen woonden langs de rivier waaruit het Alkmaardermeer is ontstaan. Van deze nederzettingen is echter niets meer terug te vinden. Er bevinden zich wel een aantal eilandjes in het meer die restanten zijn van het land dat er vroeger lag. Voorbeelden zijn de "Saskerlij", de "Nes" en de "Dijker Hemme".

In de loop der eeuwen is het deel van het Oer-ij dat op het Alkmaardermeer uitkwam geleidelijk aan dichtgeslibd en in de 17e eeuw is de Schermer drooggemalen.