Archeologische vondsten uit de voorbije decennia tonen aan dat er op het grondgebied Aalter reeds bewoning was tijdens de prehistorie. Er werden een aantal stenen artefacten gevonden op een aantal paleontologische sites. Ze dateren mogelijk van 3000 tot 2000 voor het begin van onze jaartelling. Archeologen vonden ook de restanten van een bronzen bijl, die volgens onderzoek tussen 1200 en 1000 v.Chr. moet vervaardigd zijn.

De naam Aalter dook, door de schenking van een deel van de Villa Haleftra (het landgoed Haleft(e)ra) door graaf Diederik van West-Friesland aan de Sint-Pietersabdij van Gent, voor het eerst op in het jaar 974. Deze naam is mogelijk afgeleid van het Germaanse halahdrja, wat jeneverbessenstruik betekent. Villa Haleftra zou zich op de huidige markt hebben bevonden, vlak naast de huidige kerk. Het landgoed werd omringd door velden (campis), akkers (agris), meersen (pratis), weiden en bossen. In 840 en in 1112 komt de naam Haltra voor.