Pupurninga villa is de oudste schrijfwijze en dateert van omstreeks 850. Vondsten uit het neolithicum bewijzen dat de locatie toen al bewoond was. Tijdens de Romeinse tijd werd een zijweg van een heerweg aangelegd die Kassel verbond met Poperinge en Aardenburg.

Al in de vroege Middeleeuwen speelde de Sint-Bertinusabdij in Sint-Omaars een belangrijke rol in het kerkelijke en economische leven van de Poperingenaars. De abten van de abdij waren trouwens de leenheer van Poperinge en bleven dat tot aan de Franse Revolutie.

Diederik van de Elzas, graaf van Vlaanderen schonk Poperinge op verzoek van de abt van Sint-Omaars in 1147 een eerste keure, gebaseerd op een verdwenen gegane keure van de streek Veurne, die nog eens door zijn opvolger Filips werd bevestigd.

De grote motor achter de bloeitijd voor Poperinge in de 13e eeuw was de lakenindustrie. De stad breidde uit en kreeg in 1290 toestemming van de bisschop van Terwaan om, naast de bestaande Sint-Bertinuskerk, (zie bezienswaardigheden) twee nieuwe kerken te bouwen. Er schakelden zoveel landbouwers over naar de nieuwe industrie dat landbouwers van elders werden gevraagd om de akkers te bewerken. Toen de lakenindustrie in de 16e eeuw begon te tanen vond men nieuwe inkomsten in de hopteelt.

In 1630 was de abt van de Sint-Bertinusabdij in Sint-Omaars nog steeds de leenheer van Poperinge. Hij bleef dat trouwens tot aan de Franse Revolutie en wellicht zelfs tot het begin van de Franse periode in België.

Tijdens de Eerste Wereldoorlog was Poperinge, samen met Veurne, de enige Belgische stad die niet door de Duitsers werd bezet. De Lijssenthoek Military Cemetery is de tweede grootste Britse begraafplaats van de Eerste Wereldoorlog (10.800 zerken). Ze lag vlak bij een groot veldhospitaal en dat verklaart waarom men hier ook graven aantreft van een Britse verpleegster, Chinezen, Amerikanen, Fransen en Duitsers.