De Handzamevaart ontspringt nabij Torhout als Spanjaardbeek en buigt daarna westwaarts af naar Kortemark. Als Krekebeek of Krekelbeek loopt de stroom ten zuiden van Kortemark en Handzame door. Voorbij Handzame spreekt men van de Handzamevaart. De vaart stroomt tussen Werken en Zarren door, en is er vanaf daar grotendeels gekanaliseerd. Wat verder stroomt de Oude Zarrenbeek in de Handzamevaart. De vaart stroomt nog tussen Esen en Vladslo door, en mondt ten slotte in het stadscentrum van Diksmuide uit in de IJzer.
