De oorspronkelijke kerk werd in 1144 gewijd door bisschop Milo van Terwaan en in de loop van de dertiende eeuw geleidelijk aan uitgebreid. In 1333 werd de kerk door brand in de as gelegd. Restanten van het oorspronkelijke gebouw worden in de nieuwe constructie verwerkt. Ook in 1573 en 1672 werd de kerk door brand geteisterd, met de nodige restauratie- en herstellingswerken tot gevolg. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd de kerk volledig verwoest. De Duitse artillerie, die opereerde vanuit Klerken, gebruikte de torenspits als oriëntatiepunt voor de beschieting van Diksmuide.
De Brugse architect Jozef Viérin leidde van 1923 tot 1925 de heropbouw naar vooroorlogs model. Op 27 mei 1940, een dag voor het einde van de Tweede Wereldoorlog, werd de kerk opnieuw verwoest toen de Duitsers haar met brandbommen bestookten. De daaropvolgende restauratiewerken onder leiding van de architecten Jozef en Luc Viérin sleepten aan tot het begin van de jaren 50.
