Op deze plaats, vlakbij de Grote Markt van Kortrijk bevond zich reeds rond 650 een bedehuis dat gebouwd werd door Sint-Elooi. Later werd op dezelfde plaats een Romaanse Sint-Martinuskerk opgericht. In de middeleeuwen werd deze Romaanse kerk vervangen door een gotische kerk. De stenen toren dateert van 1439.
De Sacramentstoren in de Sint-Maartenskerk
Op 7 augustus 1862 sloeg het noodlot toe: de Sint-Maartenstoren in Brabantse gotiek werd getroffen door een blikseminslag waardoor het houten gedeelte van de toren dat dateerde uit 1601 volledig afbrandde. De torenspits werd in de daaropvolgende decennia volledig in ere hersteld.
Van 1899 tot 1939 prijkte tussen de twee ingangen van het hoofdportaal een eikenhouten Onze-Lieve-Vrouwebeeld. Op die plaats staat nu een beeld van Sint-Maarten in witsteen.
Sinds 1937 is de kerk een beschermd monument.
De 83m hoge toren in Brabantse gotiek is een blikvanger. In de houten spits hangt een beiaard van 49 klokken, gerestaureerd in 1974.