De naam dankt het aan een van de oprichters, de mecenas Henriette Polak-Schwarz (1893-1974). Met de beeldende kunstenaar Joop Sjollema (1900-1990) ontwikkelde zij een plan voor het oprichten van een museum. Zo ontstond de Stichting Henriette Antoinette, die begon met het verzamelen van een collectie modern-klassieke kunstwerken. Daarin werd werk opgenomen van onder meer de kunstenaars Constant Nieuwenhuijs, Kees Maks, Wim Oepts, Kees Verwey, Jan Wiegers en Nicolaas Wijnberg.
De collectie werd tijdelijk ondergebracht in het Rosa Spier Huis in Laren. Na enkele jaren ging men op zoek naar een definitief onderkomen. De stichting verwierf het herenhuis De Wildeman aan de Zaadmarkt in Zutphen en het middeleeuwse pakhuis daarachter aan de Rode Torenstraat. In 1975 werd de gemeente Zutphen eigenaar van de gebouwen en de collectie. Daarmee werd het Museum Henriette Polak een feit. Doordat Henriette Polak overleed in april 1974 heeft zij de opening niet mogen meemaken. Een deel van het werk van Joop Sjollema werd in 1990 nagelaten aan het museum.
