Op de plaats van de Grote Kerk werd in 1842 een zogenaamde Waterstaatskerk gebouwd. Deze werd in 1890 door een brand compleet verwoest. Twee jaar later werd door de firma Chris Wegerif op de fundamenten een nieuwe kerk gebouwd naar ontwerp in neorenaissancestijl van de Rotterdamse architect Jan Verheul. Op 16 april 1891 legde de toen 10-jarige prinses Wilhelmina de eerste steen. Zij woonde met haar moeder Koningin Emma ook de eerste kerkdienst bij op zondag 25 september 1892. Tot aan haar dood kerkte koningin Wilhelmina regelmatig in de Grote Kerk.
In 1960 werd de kerk gerenoveerd en aangepast aan de stijl van die tijd. In 1970 werd, in verband met de erbarmelijke staat van het gebouw, overwogen om de kerk te slopen. Als reactie hierop werd de Stichting Vrienden van de Grote Kerk opgericht. Het doel van deze stichting was het gebouw en het orgel terug te brengen in haar oorspronkelijke staat. Van sloop werd uiteindelijk afgezien en bovendien kreeg de kerk de status van rijksmonument.
