Het gebouw is uitgevoerd als kopstation en werd in op 6 juni 1885 geopend, tegelijk met de ingebruikname van de spoorlijn tussen Hoorn en Enkhuizen. Het ligt aan het water, naast de kade waar de veerboot van de Veerdienst Enkhuizen - Stavoren naar Stavoren in Friesland aanlegde. In de eerste helft van de twintigste eeuw werden vanaf hier ook goederenwagons verscheept, de HIJSM onderhield een dagelijkse verbinding d.m.v. een stoompont.
De bootverbinding Enkhuizen – Stavoren was een essentiële schakel in de rechtstreekse spoorverbinding tussen Amsterdam en Leeuwarden. Deze lijn werd tot de samenvoeging van de Hollandsche IJzeren Spoorweg-Maatschappij (HSM) en Maatschappij tot Exploitatie van Staatsspoorwegen (SS) tot NS in 1917 in concurrentie geëxploiteerd met de verbinding via Zwolle van de NCS (Nederlandsche Centraal-Spoorweg-Maatschappij) en SS. Na de fusie en opkomst van de afsluitdijk verminderde het belang van de verbinding via Enkhuizen – Stavoren sterk en bleef het lokale en het toeristische vervoer over.
In samenwerking met de Museumstoomtram Hoorn - Medemblik vertrekt sinds de jaren zeventig vanaf de aanlegplaats naast het station een toeristische bootverbinding met Medemblik, die deel uitmaakt van de z.g. 'Historische Driehoek'. Sinds 2002 onderhoudt het MS Friesland, een oude veerboot van Rederij Doeksen, deze bootverbinding.
