Tussen 1590 en 1593 werd Enkhuizen landinwaarts, dus naar het westen, uitgebreid. Er kwam een aarden omwalling met een nieuwe verdedigingsgracht en zeven bastions. Op de plaats waar nu de Koepoort staat, kwamen een houten poort en een ophaalbrug. Een halve eeuw later wilde men de houten poort vervangen door een stenen poortgebouw. De bouwtekening is waarschijnlijk van de hand van Jacob van Campen. In 1649 werd de eerste steen gelegd, maar spoedig bleek dat het Bentheimer zandsteen voor de bouw niet geleverd kon worden. In 1654 maakte men de poort provisorisch af. Het was wel al een poort waar het verkeer doorheen ging. Door de aanleg van de straatweg naar Hoorn, die in 1672 werd opgeleverd, kwam veel van het binnenkomend verkeer door de Koepoort. De poort werd echter niet onderhouden en raakte in verval. In 1730 werd de poort hersteld en van een koepel voorzien. In 1793 werd een uurwerk met klok in de koepel aangebracht.
Sinds de jaren '30 van de 20e eeuw gaat het verkeer niet meer door de poort, maar wordt het eromheen geleid. De hoofdstraat van Enkhuizen, de Westerstraat, komt uit op de Koepoort en gaat daar over in het Westeinde. Sinds 1987 staat aan de stadszijde het door Han Sterk vervaardigde beeld van de stedemaagd van Enkhuizen.
