Het museum werd gesticht in 1889 en is verdeeld over vier gebouwen in Rome, namelijk het Palazzo Altemps, het Palazzo Massimo alle Terme, de Thermen van Diocletianus en de Crypta Balbi.
In het palazzo staan nog 16 beelden van de Altemps collectie. Verder staan hier de Ludovisi Boncompagnie collectie (o.a. standbeelden van Apollo met lier, Athena Parthenos (Athena de maagd), Loghios Hermes, Orestes & Elektra en de zelfmoord van de Galaat), de Mattei collectie en de Egyptische collectie van het Nationaal Museum.
