Toen Daniël Stalpaert in 1668 een houten constructie voor de kerk ontwierp, was dat bedoeld als tijdelijke oplossing. Er zou een grotere kerk in steen op het Rembrandtplein komen. Dat gebeurde echter nooit omdat die stenen kerk te duur bleek. Zo bleef de Amstelkerk staan. In 1825 werd het sobere interieur opgeluisterd zodat de kerk degelijke binnenmuren, een preekstoel, nieuwe kerkbanken en een orgel kreeg. Tegenwoordig is de kerk geen kerk meer. Eind de jaren zestig werden er kantoorgebouwen in ondergebracht. Die kregen allemaal glazen wanden. Op de benedenverdieping is het café-restaurant Kort gevestigd. In het kerkgedeelte vinden er af en toe nog concerten of lezingen plaats.
