Onder impuls van pastoor Daniël van Waasmunster richtte de Doornikse bisschop Gosuinus in 1217 een zelfstandige Sint-Nicolaasparochie op, onafhankelijk van Waasmunster. In een oorkonde, gericht aan gravin Johanna van Constantinopel, wees de bisschop erop dat de afstand tussen beide dorpen de geloofspraktijk hinderde. Om de levensvatbaarheid van de nieuwe parochie te garanderen drong hij er bij de gravin op aan gronden ter beschikking te stellen voor het optrekken van een kerk en priesterverblijven. In 1219 schonk gravin Johanna zes bunders "woestine" aan de Sint-Nicolaasparochie. Deze circa acht hectare braakliggende grond lagen langs de huidige Ankerstraat: het waren de zogenaamde "papenakkers" of "priesteragie"-gronden.
Op 25 mei 1690 werd Sint-Niklaas geteisterd door een rampzalige brand, die ontstaan was in een jeneverstokerij in de Kalkstraat. Niet minder dan 565 huizen werden verwoest. Het dak en de toren van de Sint-Nicolaaskerk werden in lichterlaaie gezet.
Na vele eeuwen groeide de stad en met haar de decanale hoofdkerk, gewijd aan de patroonheilige van de stad.
